Основните дейности на комисията са свързани със:

• Защита човешките права и основни права на европейските граждани, особено на малцинствата;
• Мерки за борба с дискриминацията, особено дискриминацията по полов признак и на работното място;
• Защита на личните данни и прозрачност;
• Гарантиране европейската сигурност и правосъдие, особено по отношение на:
  • Мерки за свободното движение на хора, търсенето на убежище и миграция
  • Мерки за интегрираното управление на общите граници на ЕС
  • Полицейско и съдебно сътрудничество в сферата на борбата с тероризма, организираната престъпност, както и по-съгласуван подход при интерпретирането на криминалното право.
• Европейския център за мониторинг на наркотици и наркомании, Европейската агенция за основни права, Европол, Евроджъст, Европейския полицейски колеж, офиса на Европейския прокурор и други агенции и структури в тази сфера.
• Разглеждане на сериозни нарушения от страна на държавите-членки в сферата на гражданските свободи, правосъдие и вътрешен ред